2025 : 15 ans après avoir chassé les extra-terrestres de la surface de la Terre, Shinichi Ichikawa, plus connu sour le nom de Zebraman, se réveille amnésique. Il découvre que le maire de Tokyo, désormais baptisé Zebra City, a pacifié la métropole en instaurant une nouvelle loi : le Zebra Time. Chaque jour durant 5 minutes, les habitants peuvent assouvir leurs pulsions sous la surveillance de la police. Zebraman réalise cependant que la réalité est moins idyllique qu'il n'y paraît et que le maire et sa fille, la vénéneuse Zebra Queen, ont de noirs desseins. Pourra-t-il les arrêter ?

Enseignant, Shinichi n'est respecté ni dans son travail (ses élèves se moquent de lui) ni dans sa famille (sa femme le trompe). Exaspéré par cette morne existence, il décide de se fabriquer le costume de Zebraman, le super-héros de son enfance et de partir à l'aventure...