Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier ! Alors que les Ninja Turtles s’apprêtent à défier Shredder et son nouveau gang, ils doivent rapidement faire face à une menace tout aussi grande : le célèbre Krang !

La ville a besoin de héros. New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens. Alors que l’avenir semble sans espoir, quatre frères en marge de la société sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Tortues Ninja. Les Tortues devront s’associer à la courageuse reporter April O’Neil et son casse-cou de cameraman Vern Fenwick pour sauver la ville et empêcher Shredder de mettre son plan diabolique à exécution.