Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIe siècle ou, grâce a un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.

Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l'origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l'utilise pour muter et décupler ses forces...

Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new-yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d'affronter le terrible Shredder dont le but avoué est d'asservir le monde.