Jean-Luc Picard et son fidèle équipage font route vers la planète Romulus avec pour mission de rétablir les liens diplomatiques entre la Fédération et son ennemi juré, le peuple Romulan. Sur place, les passagers de l'Enterprise découvrent que le nouvel homme fort de Romulus, Praeter Shinzon, a éliminé une majeure partie du Sénat avec l'accord de son vice-roi. Deuxième surprise : Shinzon n'est pas un Romulan, mais un humain, jadis réduit à l'état d'esclave, puis cloné à l'image de... Picard. Confronté à cette situation inédite, le commandant du vaisseau spatial devra mobiliser toutes ses ressources pour déjouer les plans de son double et empêcher l'opération de destruction massive dont Shinzon menace la Terre...

Les pacifiques Ba'ku, au nombre de six cents, vivent depuis plus de trois cents ans dans un village idyllique, le Carré de Bruyère. Ils ont renoncé au monde moderne et à la technologie en faveur d'un mode de vie agraire et équilibré. Mais, parce qu'ils ont découvert le secret de l’éternelle jeunesse, leur communauté est menacée par les rebelles Son'a qui décident de s'approprier leur territoire. Menés par Ru'afo qui a reçu l'aval de la Fédération, ils préparent ni plus ni moins l’élimination pure et simple de la population Ba'ku. Le capitaine Picard découvre leur projet.

24ème siècle. Alors que l'Enterprise patrouille au fond de la galaxie, le capitaine Picard et ses hommes reçoivent un SOS : les terribles Borg, mi-hommes mi-machines, sont en train d'attaquer la Terre afin de changer l'histoire de l'univers. Pour les contrer, une seule solution : les suivre et remonter trois siècles plus tôt, à l'heure du premier contact avec les Vulcains...

Le docteur Soran est prêt à sacrifier 230 millions d'humanoïdes pour regagner le paradis dont il fut chassé avec son peuple. Mais c'est sans compter sur le légendaire James T. Kirk.