Pour la première fois dans l’histoire cinématographique de Spider-Man, l’identité du héros sympa du quartier est révélée, et ses responsabilités de super héros entrent en conflit avec sa vie privée, mettant ainsi en danger ses proches. Quand il demande de l’aide à Doctor Strange pour rétablir les choses et garder son secret, le sort ouvre une brèche dans leur monde, libérant les méchants les plus puissants ayant jamais combattu un Spider-Man dans tous les univers confondus. A présent, Peter va devoir affronter son plus grand défi, qui altèrera non seulement son futur, mais aussi celui du multivers.

Peter et ses amis passent leurs vacances d’été en Europe. Mais ils n’auront pas vraiment l’occasion de se reposer puisque Peter accepte d’aider Nick Fury pour débusquer les mystérieuses créatures qui sont la cause des catastrophes naturelles qui frappent le continent.

Après ses spectaculaires débuts dans Captain America : Civil War, le jeune Peter Parker découvre peu à peu sa nouvelle identité, celle de Spider-Man, le super-héros lanceur de toile. Galvanisé par son expérience avec les Avengers, Peter rentre chez lui auprès de sa tante May, sous l’œil attentif de son nouveau mentor, Tony Stark. Il s’efforce de reprendre sa vie d’avant, mais au fond de lui, Peter rêve de se prouver qu’il est plus que le sympathique super héros du quartier. L’apparition d’un nouvel ennemi, le Vautour, va mettre en danger tout ce qui compte pour lui...