Après l'incident survenu en 2116 dans l'Union de l'Asie du Sud-Est (SEAUn), Shinya Kogami reprend son voyage vagabond. Dans un petit pays d'Asie du Sud, Kogami sauve un bus de réfugiés attaqués par les forces armées de guérilla. Parmi les réfugiés se trouve une jeune femme du nom de Tenzin, qui supplie Kogami de lui apprendre à se venger de l'ennemi. Que voient la jeune fille qui veut se venger et l'homme qui a exigé la vengeance lorsqu'ils contemplent le bord d'un monde d'où il n'y a pas d'échappatoire ?

C'est l'été à Okinawa, en 2112, et Teppei Sugo est un pilote participant aux opérations militaires de la 15ème force opérationnelle interarmées des Forces de défense nationales. Trois mois plus tard, des drones armés sans pilote attaquent Tokyo et le ministère de la Défense. Pour enquêter sur l'affaire, Tomomi Masaoka, responsable de la division 1 du Département des enquêtes criminelles, se rend à la base militaire de la Défense nationale et, avec l'aide de l'inspecteur Ayonagi et Sugo, découvre la vérité derrière cette affaire.

Hiver 2117, un véhicule en fuite s’écrase contre l’édifice du Bureau de la sécurité publique. Le chauffeur est identifié comme étant Izumi Yasaka, un conseiller psychologique de Sanctuary, un centre d’isolement criminel latent situé dans la préfecture d’Aomori. Mais juste avant son interrogatoire, l’enquêteur Mika Shimotsuki et l’inspecteur Nobuchika Ginoza sont chargés d’escorter rapidement Yasaka à Aomori…