« Pourquoi moi ? » fut la dernière pensée de Rune Balot, adolescente prostituée brûlée vive par un tueur en série… Ramenée à la vie grâce à une incroyable technologie, Rune se réveille totalement transformée en cyborg. Mise au point par le docteur Easter, cette technique de cybernétique, normalement interdite, a été autorisée par un amendement spécial : le “Mardock Scramble 09”. En échange de cette seconde chance, la jeune cyborg va devoir plonger dans les bas-fonds de Mardock City, une mégalopole où règnent la violence et le désespoir, à la recherche du psychopathe qui lui a ôté la vie…

L’histoire met en scène une prostituée qui est brûlée vive par un de ses clients. Grâce à la science, elle est ressuscitée et sa seule rédemption se trouve dans la mort de son bourreau. Cela l’amène à s’en prendre à une organisation criminelle particulièrement puissante qui veulent sa mort également.