Autrefois, les Hunters ont été divisés en deux groupes. Un côté Lumière et un côté Ténèbres. Chacun emprunta une voie différente. Plusieurs années plus tard, le côté des Ténèbres ressurgit et attaque Kirua et Kurapika. Ils ont la ferme intention d'exterminer tous les Hunters encore en activité. Ce groupe est mené par un certain Jed, un individu qui semble étroitement lié à Netero, le président de l'association des Hunters. Ainsi commence une véritable guerre opposant les Hunters à leur côté sombre...

Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan. En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux. Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.