La jeune Kirra quitte l’Australie pour passer l’été en compagnie de son grand père en Afrique du Sud. Aussitôt arrivée, elle découvre un bébé épaulard échoué dans le lagon adjacent au parc d’attraction désuet de son grand-père. Elle nomme son nouvel ami “Willy” et entreprend une grande aventure afin d’aider l'orque à retrouver son groupe avant que l’avide rival de son grand-père ne parvienne à le capturer pour en faire un spectacle lucratif dans son nouveau parc thématique tape-à-l’oeil.

Jesse est maintenant devenu un adolescent, tandis que l'orque Willy a fondé sa propre bande et coule des jours heureux le long de la côte nord-ouest du Pacifique. Menacé par des chasseurs, Willy pourra une fois encore compter sur l'amitié de Jesse et l'aide de Max, le fils de l'un de ces chasseurs pour échaper aux dangers qui planent sur lui et sa bande.

Deux ans ont passé depuis les dernières aventures de l'orque Willy et du petit garcon Jesse. C'est maintenant un jeune adolescent qui va devoir une fois de plus défendre Willy, rendu à la liberté, et à sa famille, contre la négligence et le cynisme des hommes.

Willy est une orque mâle, capturée puis vendue à un centre aquatique pour y être dressée et exploitée. Jesse, préadolescent abandonné par sa mère, rebelle à l'autorité et fugueur, est arrêté pour vandalisme au cours d'une fugue et placé dans une famille d'accueil qui désire l'adopter. Il doit nettoyer ses graffitis au centre aquatique et y fait la rencontre de Willy qui devient peu à peu son meilleur ami. Mais puisque l'orque ne coopère pas au spectacle qu'on attend de lui, elle manque de se faire tuer sur ordre du peu scrupuleux propriétaire des lieux. Jesse et ses nouveaux amis décident de l'aider à regagner la mer et la liberté.