Cloud Strife, ex-soldat, décide de s'isoler de ses anciens compagnons pour lutter contre les souvenirs de son passé, seul. Cependant, quand il se fait attaquer par le gang de Kadaj, Loz, et Yazoo, qui recherchent leur "Mère" pour commencer leur "Réunion", Cloud va devoir plus que jamais affronter les souvenirs qui le tourmentent.

Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth, Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et les Turks afin de rentrer à Midgar. Leur fuite est entrecoupée de flash-backs autour des événements ayant eu lieu à Nibelheim.