Mata Nui, jadis un monarque imposant et puissant, a été exilé dans un lointain dépotoir de rebuts et de métal rouillé. Après avoir remporté une féroce bataille de Glatorian, des villageois lui demandent de les aider à vaincre leurs vrais ennemis : les terribles Skrall et les «chasseurs d'os». Secondé d'une courageuse troupe de guerriers Glatorian et Agori, Mata Nui se lance dans une aventure épique vers des contrées fabuleuses où de formidables secrets sur les Bionicle seront révélés.

Dans cette nouvelle histoire, le turaga Vakama raconte une histoire qui s'est passé bien avant Mata-Nui. Lui et les autres Turaga avait été alors choisis pour être les Toa Metru de l'île Metru-Nui. Ils ont dû combattre Morbutzkah, une plante maléfique se développant rapidement…

L'esprit qui protège les îles de Mata Nui est plongé dans un profond sommeil, causant l'engloutissement des îles dans l'océan. 3 des habitants de ces îles vont alors devoir utiliser le Masque de Lumière pour les sauver...