Lorsqu'un dossier top secret est volé par effraction dans les labos de S.T.A.R. par Poison Ivy et Floronic Man, alias Jason Woodrue, une vague de crimes et de chaos se déclenche. Le Chevalier Noir et Nightwing sont sur l'affaire mais font appel à une aide innatendue: Harley Quinn !

Batman doit composer avec plusieurs de ses anciens ennemis. Cependant, une nouvelle présence nocturne vient brouiller les pistes. Batwoman, émule féminine de Batman vient compliquer le travail du Chevalier noir de Gotham City.

Afin de récupérer ses organes et ramener à la vie son épouse, Mr Freeze enlève Barbara, la fille du commissaire Gordon. Batman et Robin vont se lancer à la poursuite du criminel.

Un parrain de la pègre est assassiné par un homme en cape noire. Le nouveau procureur Arthur Reeves accuse Batman. Désormais traqué, Batman enquête pour retrouver le véritable meurtrier. Mais dans le même temps, Bruce Wayne retrouve aussi une ancienne petite-amie, Andréa Beaumont, dont le père fut autrefois mêlé aux affaires des gangsters tués. L'occasion pour le chevalier noir de replonger dans son passé, à l'époque où il faillit renoncer à devenir un justicier...