Phinéas et Ferb s’apprêtent à célébrer le cinquième anniversaire de Perry, leur ornithorynque de compagnie. Cette journée doit donc être inoubliable et les deux ingénieux frères mettent au point une incroyable catapulte pour améliorer le jeu du badminton, ils l’appellent "l’ornithopulte" mais comme à son habitude, Perry disparaît subitement, appelé par le Major Monogram pour une nouvelle mission secrète. Surpris que leur ami ne soit pas là pour jouer avec eux, Phinéas et Ferb continuent malgré tout à s’amuser et se glissent dans leur catapulte qui les envoie directement… au cœur de l’organisation du mal du terrible docteur, la "Doofenschmirtz Maléfique Anonyme".

Fern Petersen voit sa vie bouleversée lorsque son petit ami trop affectueux, Robert Klingher, meurt dans un accident embarrassant. Lorsque Robert revient d'entre les morts, il essaie de retrouver Fern seulement elle lui brise le cœur. Robert complote pour tuer Fern afin qu'ils puissent être ensemble pour toujours, Fern devra se battre pour rester dans le monde des vivants.