Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth, Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et les Turks afin de rentrer à Midgar. Leur fuite est entrecoupée de flash-backs autour des événements ayant eu lieu à Nibelheim.

Dans un monde régi par la magie, Yuno et Asta ont grandi ensemble avec un seul but en tête : devenir le prochain Empereur-Mage du royaume de Clover. Mais si le premier est naturellement doué, le deuxième, quant à lui, ne sait pas manipuler la magie. C’est ainsi que lors de la cérémonie d’attribution de leur grimoire, Yuno reçoit le légendaire grimoire au trèfle à quatre feuilles tandis qu’Asta, lui, repart bredouille. Or, plus tard, un ancien et mystérieux ouvrage noir décoré d’un trèfle à cinq feuilles surgit devant lui ! Un grimoire d’anti-magie…