Takiya, un nouveau venu au sein du lycée Suzuran, où des bandes très violentes s'affrontent quotidiennement, veut tenter d'en prendre le contrôle. Pour ce faire, il est entraîné par Katagiri, un ancien Yakuza, et doit lutter contre son rival Serizawa.

Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.

Albator était jadis un officier de l'armée. À bord de son vaisseau l'Arcadia, il a provoqué le soulèvement des forces alliées avant de disparaître du système solaire. Devenu une véritable légende après un siècle d'errance, son but reste mystérieux et lorsque son vaisseau réapparaît tel un vaisseau fantôme, de nombreuses questions resurgissent. Pourquoi Albator est-il devenu un pirate ? Pourquoi l'homme à la profonde cicatrice s'est-il révolté contre le gouvernement ? Que va-t-il faire à présent ?

Cette histoire parle de deux lycéens qui tombent amoureux l'un de l'autre au lycée, mais ne peuvent pas exprimer leurs sentiments l'un pour l'autre. Au lieu de cela, ils disent souvent la mauvaise chose et se gênent mutuellement. L'histoire se poursuit jusqu'au début de leur 20 ans, alors qu'ils se rencontrent, et bien qu'ils aient toujours des sentiments l'un pour l'autre, ils ne trouvent pas le moyen d'être ensemble.

Les Yorozuya vont chasser des scarabées dans la forêt. Par hasard, ils rencontrent le Shisengumi. Après plusieurs péripéties, Okita previent Gintoki qu'un tsujigiri (personne qui teste l'efficacité de son nouveau katana en s'attaquant à un adversaire humain) s'en prend à de nombreuses personnes. Au même moment, Gintoki reçoit une requête : il doit retrouver le voleur du Benizakura, un sabre qui serait maudit...