Lincoln Six-Echo et sa camarade Jordan Two-Delta font partie des centaines de Produits d'une immense colonie souterraine où la vie est étroitement surveillée et régie par des codes très stricts. Le seul espoir d'échapper à cet univers stérile est d'être sélectionné pour un transfert sur « l'Île ». À en croire les dirigeants de la colonie, l'Île serait le dernier territoire à avoir échappé à la catastrophe écologique qui ravagea notre planète quelques années auparavant et en rendit l'atmosphère à jamais irrespirable… Lincoln, comme la totalité de ses congénères, a longtemps cru à ce paradis. Mais depuis quelque temps, des cauchemars récurrents troublent ses nuits, et le jeune homme commence à s'interroger sur le sens de sa vie et les restrictions faites à sa liberté. Poussé par une curiosité tenace, Lincoln découvre bientôt l'atroce vérité…

Les événements se situent entre SAW I et II, on y retrouve un John, malade et désespéré, qui se rend au Mexique afin de subir une opération expérimentale capable de guérir son cancer, mais il découvre que tout ceci n’est qu’une escroquerie visant des malades vulnérables et affligés. Animé d'un nouveau but, le célèbre tueur en série retourne à son œuvre, et va prendre sa revanche sur ces escrocs dans un terrible « jeu » dont il a le secret, à travers des pièges toujours plus machiavéliques et ingénieux les uns que les autres.