L'histoire d'une authentique mission spatiale organisée par la NASA et qui a été finalement annulée. Cependant, des enregistrements de la mission Apollo 18 sont retrouvés. En réalité, ces enregistrement prouvent que l'équipe a aluni, mais que de très sombres événements sont survenus.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, le projet Philadelphia a pour but de rendre les navires de la flotte américaine invisibles à ses ennemis. Le navire Eldrige tente l'expérience et disparaît littéralement. En 1984, une nouvelle opération menée est un succès qui ramène le navire Eldridge disparu en 1943. Mais à son bord, deux marins de cette même époque, Jim et David, traversent également ces 40 années.

Lorsqu'il découvre qu’un agent fédéral corrompu est impliqué dans une affaire de trafic sexuel, le tireur d'élite de la CIA Brandon Beckett se révolte. Pour démasquer la taupe et espérer faire tomber l’organisation criminelle, il décide alors de faire équipe avec ses anciens alliés : l'agent de sécurité Zero et l'assassin Lady Death.