Miles Morales, un adolescent afro-américain et portoricain vit à Brooklyn et s’efforce de s’intégrer dans son nouveau collège à Manhattan. Mais la vie de Miles se complique quand il se fait mordre par une araignée radioactive et se découvre des super-pouvoirs : il est désormais capable d’empoisonner ses adversaires, de se camoufler, de coller littéralement aux murs et aux plafonds ; son ouïe est démultipliée... Dans le même temps, le plus redoutable cerveau criminel de la ville, le Caïd, a mis au point un accélérateur de particules nucléaires capable d’ouvrir un portail sur d’autres univers. Son invention va provoquer l’arrivée de plusieurs autres versions de Spider-Man dans le monde de Mile.

Après s’être échoué avec sa commandante et son équipage sur une planète hostile située à 4,2 millions d’années-lumière de la Terre, Buzz l’Eclair tente de ramener tout ce petit monde sain et sauf à la maison. Pour cela, il peut compter sur le soutien d’un groupe de jeunes recrues ambitieuses et sur son adorable chat robot, Sox. Mais l’arrivée du terrible Zurg et de son armée de robots impitoyables ne va pas leur faciliter la tâche, d’autant que ce dernier a un plan bien précis en tête…

Nick Daley travaille l’été comme gardien de nuit au Museum d'histoire naturelle de New York. Pour ce lycéen qui suit les traces de son père Larry (l’ancien gardien du musée incarné dans les films par Ben Stiller), ce poste représente un vrai défi car il est déterminé à ne pas le décevoir. Heureusement pour lui, il connaît bien la tablette qui donne vie aux mannequins exposés. Dès la tombée de la nuit, il peut ainsi retrouver ses vieux amis Jedediah, Octavius et Sacagawea. Mais lorsque le dangereux souverain égyptien Kahmunrah s'échappe du système dans le but de délivrer son armée de morts du monde souterrain, Nick doit tout mettre en œuvre pour contrer ses plans diaboliques et ainsi sauver le musée une fois pour toutes.