Dans le futur, un nouveau traitement psychothérapeutique nommé PT a été inventé. Grâce à une machine, le DC Mini, il est possible de rentrer dans les rêves des patients, et de les enregistrer afin de sonder les tréfonds de la pensée et de l'inconscient. Alors que le processus est toujours dans sa phase de test, l'un des prototypes du DC Mini est volé, créant un vent de panique au sein des scientifiques ayant développé cette petite révolution. Dans de mauvaises mains, une telle invention pourrait effectivement avoir des résultats dévastateurs. Le Dr. Atsuko Chiba, collègue de l'inventeur du DC Mini, le Dr. Tokita, décide, sous l'apparence de sa délurée alter-ego Paprika, de s'aventurer dans le monde des rêves pour découvrir qui s'est emparé du DC Mini et pour quelle raison. Elle découvre que l'assistant du Dr. Tokita, Himuro, a disparu...

14 ans se sont écoulés depuis la fin du second film, Asuka est chargée, en compagnie de Mari, de récupérer le Tesseract dans lequel est scellé l'EVA-01, lorsqu'elle est intercepté par le système d'auto défense chargé d'empêcher quiconque de récupérer l'EVA-01, et sera sauvé par celle-ci. De retour de l'intérieur de l'EVA, Shinji se rend compte que beaucoup de choses ont changé, il est désormais considéré comme un criminel, retenu prisonnier par ses anciens amis de la NERV qui forment désormais l'organisation WILLE dont le but officieux est de détruire la NERV et d'empêcher de nouveau impacts.

L’histoire met en scène une prostituée qui est brûlée vive par un de ses clients. Grâce à la science, elle est ressuscitée et sa seule rédemption se trouve dans la mort de son bourreau. Cela l’amène à s’en prendre à une organisation criminelle particulièrement puissante qui veulent sa mort également.

« Pourquoi moi ? » fut la dernière pensée de Rune Balot, adolescente prostituée brûlée vive par un tueur en série… Ramenée à la vie grâce à une incroyable technologie, Rune se réveille totalement transformée en cyborg. Mise au point par le docteur Easter, cette technique de cybernétique, normalement interdite, a été autorisée par un amendement spécial : le “Mardock Scramble 09”. En échange de cette seconde chance, la jeune cyborg va devoir plonger dans les bas-fonds de Mardock City, une mégalopole où règnent la violence et le désespoir, à la recherche du psychopathe qui lui a ôté la vie…

Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.