La ville a besoin de héros. New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens. Alors que l’avenir semble sans espoir, quatre frères en marge de la société sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Tortues Ninja. Les Tortues devront s’associer à la courageuse reporter April O’Neil et son casse-cou de cameraman Vern Fenwick pour sauver la ville et empêcher Shredder de mettre son plan diabolique à exécution.

À Reno, l'ancien trompettiste à succès Nate Poole tient une nuit avec la femme du gangster puissant et impitoyable Happy Shannon il enlève Nate pour le tuer dans le désert. À l'improviste, Nate est sauvé par les Indiens et il marche dans le désert jusqu'à ce qu'il atteigne une exposition de côté appartenant à Sam Adamo. Nate demande si Sam a un téléphone pour téléphoner à son amie Harriet, mais il voit une belle femme avec des ailes appelée Lily Lustre et lui demande à boire.

Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier ! Alors que les Ninja Turtles s’apprêtent à défier Shredder et son nouveau gang, ils doivent rapidement faire face à une menace tout aussi grande : le célèbre Krang !

Après avoir arraché des prisonniers des mains de leurs ravisseurs, des mercenaires prennent la fuite à travers la savane. Pourchassés par ceux qu'ils viennent d'attaquer, ils vont devoir faire fasse à un danger tout aussi mortel...

Après une soirée romantique dans leur maison isolée au bord du lac, une femme se réveille menottée à son mari décédé. Piégée et isolée au cœur de l'hiver, elle doit combattre des tueurs à gages pour échapper au plan tordu de son défunt époux.

Nouveaux membres, nouveaux styles, nouvelles tactiques pour ce nouvel opus explosif !