Alors que la première moitié du XXIème siècle n'est pas encore écoulée, la Terre est déjà exsangue, voir condamnée aux yeux de ses habitants, qui considère la colonisation de Mars comme seule issue viable. Comme si cela ne suffisait pas, en 2047, une entité intelligente extra terrestre, qui a pris la forme d'un gros astéroïde, fait une entrée fracassante et dévaste la planète.L'humanité courbe l'échine mais ne plie pas. 3 ans après le début de l'invasion, les nations parviennent à mettre en place un immense écran protecteur qui empêche désormais les vaisseaux extra-terrestres de pénétrer dans l'atmosphère. Cependant, ce n'est qu'un répit et les hommes jouent leur survit quotidiennement dans les combats contre l'envahisseur.

Un groupe de réfugiés tente de recoloniser la Terre 20 000 ans après sa conquête par Godzilla. Mais un jeune homme est bien déterminé à prendre sa revanche.

Sur Terre, Haruo et ses acolytes entrent en contact avec la tribu des Houtuas. Pour vaincre Godzilla, ils entament un périple vers les anciens locaux de Mechagodzilla.

L'alliance terrestre s'affaiblit, et Haruo envisage de rejoindre les Exif, dont le culte funeste cherche à invoquer un monstre capable de détruire le monde.

L'armée du Ruban Rouge avait été détruite par Son Goku, mais des individus ont décidé de la faire renaître. Ils ont ainsi créé les cyborgs ultimes, Gamma 1 et Gamma 2. Autoproclamés les « Super Héros », ils lancent une attaque contre Piccolo et Son Gohan. Quel est le but de cette nouvelle organisation du Ruban Rouge ? Face à ce danger qui se rapproche, il est temps pour les vrais héros de se réveiller !