Au XVème siècle, dans l'ancienne Tallinn, le jeune apothicaire Melchior est connu pour son esprit éclairé et son ingéniosité. Après le meurtre sauvage d’un haut responsable de l'Ordre des chevaliers teutoniques retrouvé décapité, le commandant de la garnison lui confie la tâche de débusquer l’assassin. Sans lien apparent, le prieur du monastère meurt empoisonné quelques jours plus tard. Alors que le mystère s’épaissit, Melchior est encore loin de soupçonner que son enquête va le mener sur la trace d'un des secrets les mieux gardés de l'église catholique.

Une série de morts étranges secoue l’ancienne Tallinn. Un veilleur de nuit prétend avoir vu le spectre de Dorothea, la fille d’un riche marchand qui s’est noyée dans un puits plusieurs années auparavant. Le lendemain, il est retrouvé mort, tombé d’une haute tour. Peu de temps après, le cadavre d'une fille de joie est découvert près du puits, non loin de la boutique de l'apothicaire. Alors que ces événements affolent toutes les superstitions, Melchior est mandaté pour résoudre cette nouvelle énigme. Son enquête va le mener dans les bas-fonds de la ville pour démêler les fils du passé et mettre fin à cette série de meurtres mystérieux.