Miller est un serrurier doué fraîchement sorti de prison après un travail qui a mal tourné. De retour chez lui, il tente de se réinsérer dans la vie sociale et auprès de sa fille et de son ex-petite amie, Beth, qui est maintenant inspecteur de police. Cependant, les choses se compliquent rapidement après un enlèvement inattendu.

Quand le général Krantz, ancien chef de l'organisation défaite appelée Le Cartel est en prison avec T-Bag, et apprend que Sara Tancredi se retrouve derrière les barreaux, elle-aussi, pour meurtre, il saute sur l'occasion et projette de la tuer. Emprisonnée, elle est enceinte, et inquiète pour son bébé… Michael Scofield tentera de sauver Sara dans cette ultime trame qui conclut la série. Pour ce faire, il se fait aider par ses anciens complices et amis : Lincoln Burrows, Fernando Sucre et Alexander Mahone.