Un inventeur du nom de Allan Topher conçoit un robot qu'il va programmer à fuir pour le sauver d'un avenir militaire peut réjouissant. Celui ci est recueilli par un enfant de douze ans, qui le nomme Cody, naît alors une amitié entre les deux. Elle sera déterminante, peut sauver l'inventeur de Cody, piégé par les ambitions démesurées de son entreprise.

Un groupe qui s’était préparé à l’Apocalypse sort de son bunker 10 ans après le crash d’une météorite. Ils découvrent alors que des mutants ont pris le contrôle de la planète.

Un agent de police invincible revient régulièrement dans la rue pour la "nettoyer" des crimes qu'elle abrite.

Quand le général Krantz, ancien chef de l'organisation défaite appelée Le Cartel est en prison avec T-Bag, et apprend que Sara Tancredi se retrouve derrière les barreaux, elle-aussi, pour meurtre, il saute sur l'occasion et projette de la tuer. Emprisonnée, elle est enceinte, et inquiète pour son bébé… Michael Scofield tentera de sauver Sara dans cette ultime trame qui conclut la série. Pour ce faire, il se fait aider par ses anciens complices et amis : Lincoln Burrows, Fernando Sucre et Alexander Mahone.