Au commencement, il y avait une Déesse chargée de protéger la Terre, Athéna. Gardienne de l'équilibre, elle fut cachée des Forces du Mal.Quand sa vie est menacée, Seiya et les Chevaliers de Bronze endossent leurs armures. Ce sont les Protecteurs d'Athéna, les Chevaliers du Zodiaque. Pour sauver leur Déesse et l’avenir de la Terre, ils vont devoir atteindre le Sanctuaire du Grand Pope et y affronter sa légendaire armée des 12 Chevaliers d'Or. La plus grande bataille des Chevaliers du Zodiaque débute aujourd'hui.

Il y a six ans s’est déroulé un drame durant lequel des centaines de personnes dotées de pouvoirs surnaturels ont trouvé la mort, officiellement par suicide. L’agence de détectives est aujourd’hui chargée de capturer un certain Tatsuhiko Shibusawa que l’on soupçonne d’être impliqué dans cet étrange phénomène. Tous ceux possédant des pouvoirs sont désormais menacés par un ennemi doté d’une puissance jamais vue jusqu’ici. La ville de Yokohama plonge ainsi dans la terreur.

Après la Rébellion de Char, Hathaway Noa lance une insurrection contre la Fédération terrienne, mais sa rencontre avec un officier ennemi et une femme change son destin.