Une quarantaine de passagers embarque à bord du vol 93 reliant Newark, aéroport de New York, à San Francisco. Peu de temps après le décollage du Boeing 757, deux avions de ligne détournés par des pirates de l'air viennent s'encastrer dans les tours du World Trade Center. Quelques minutes plus tard, quatre terroristes s'emparent du vol 93 avec l'objectif d'atteindre la Maison Blanche...

Miller est un serrurier doué fraîchement sorti de prison après un travail qui a mal tourné. De retour chez lui, il tente de se réinsérer dans la vie sociale et auprès de sa fille et de son ex-petite amie, Beth, qui est maintenant inspecteur de police. Cependant, les choses se compliquent rapidement après un enlèvement inattendu.