Un raz de marée inonde une partie de la côte de Tokyo. Après avoir pensé qu’il s’agissait d’une catastrophe naturelle, les scientifiques se rendent compte que le responsable de ce désastre n’est autre que Godzilla, une créature géante prête à tout détruire sur son passage.

En 1924, Yuri a tué 57 personnes en tant qu'espionne avant d'entrer dans la clandestinité en devenant la maquerelle d'une petite maison close. Elle y rencontre un orphelin dont la famille a été assassinée et qui détient la clé pour retrouver une importante somme d'argent portée disparue par l'armée impériale japonaise. Mais avec une armée de soldats à leurs trousses, ils doivent se battre pour survivre.