Quatre ans après la destruction de Isla Nublar. Les dinosaures font désormais partie du quotidien de l’humanité entière. Un équilibre fragile qui va remettre en question la domination de l’espèce humaine maintenant qu’elle doit partager son espace avec les créatures les plus féroces que l’histoire ait jamais connues.

Plusieurs générations après le règne de César, les singes ont définitivement pris le pouvoir. Les humains, quant à eux, ont régressé à l'état sauvage et vivent en retrait. Alors qu'un nouveau chef tyrannique construit peu à peu son empire, un jeune singe entreprend un périlleux voyage qui l'amènera à questionner tout ce qu'il sait du passé et à faire des choix qui définiront l'avenir des singes et des humains...

Le vétéran, Eric Daniels, se retrouve pris au piège avec des centaines d'autres conducteurs dont un prisonnier sur le pont Tobin de Boston. Quand le chef du gang commence à tuer des otages, Eric doit se remémorer sa formation militaire...