Les examens finaux sont enfin terminés, et les élèves de Yuei se préparent pour le camp d’été. Izuku et All Might reçoivent une invitation d’une certaine personne pour partir à l’étranger dans une immense ville ambulante appelée « I-Island ». Dans cette île qui regroupe les connaissances de scientifiques du monde entier, se tient l’I-Expo, un événement dédié aux résultats de recherches sur les Alters et les superhéros. Izuku y fait la rencontre de Melissa, une fille sans Alter qui lui rappelle son passé. Soudain, l’imprenable système de sécurité de l’île est piraté par des vilains, et tous les habitants de l’ile se retrouvent pris en otage. Un plan capable d’ébranler la société des héros est en marche ! Et la personne au coeur de tout cela, est le héro numéro 1 et symbole de la paix : All Might.

La classe 1-A de U.A. a été envoyée sur l’île isolée de Nabu dans le cadre d’un programme de sécurité, ce qui équivaut à des actes mineurs de la part des étudiants, car l’île est pratiquement exempte de criminalité. Izuku Midoriya, titulaire du One for All, un pouvoir d’une immense puissance héritée, rencontre Mahoro Shimano et son frère Katsuma, résidents de l’île. S’unissant à eux avec son rival Katsuki Bakugo, ils découvrent que Katsuma souhaite devenir un héros, mais Mahoro cherche à le dissuader, estimant que son Alter n’est pas adapté à une ligne de travail dangereuse.Pendant ce temps, le père de Mahoro et Katsuma, qui possède un Alter curatif appelé Cell Activation, est attaqué par Nine et son groupe.

Un jour d’été, Kosuke et Natsume, deux amis d’enfance, se retrouvent dans un vieux complexe résidentiel qui va bientôt être démoli. À leurs yeux, cet endroit n’est autre que le foyer qui les a vu grandir, et au sein duquel ils ont forgés de nombreux précieux souvenirs au fil des années. Tandis qu’ils contemplent une dernière fois le lieu, un phénomène mystérieux les saisit et ils se retrouvent soudainement à la dérive dans l’océan.