En 2059, la Terre a perdu contact aussi bien avec l'USG Ishimura qu'avec le bâtiment venu à son secours, le O'Bannon.Seuls quatre membres de ce vaisseau sont encore en vie. Qu'est-il arrivé au reste de l'équipage...

Au large des côtes égyptiennes, un mégalodon réapparait du fond des mers. Pour contrer cette nouvelle menace, le gouvernement américain a mis au point un projet top-secret : la création d’un requin mécanique gigantesque doté des mêmes caractéristiques que le mégalodon. Un couple de scientifiques va devoir piloter ce sous-marin ultra sophistiqué pour faire face à ce terrible adversaire. Mais la bataille est loin d’être gagnée…

Pendant des milliards d'années la Terre fonctionnait comme un réacteur nucléaire géant. Maintenant elle est en surchauffe et sur le point d'exploser. Los Angeles fait l'objet d'une évacuation mais Calvin Crawford reste et part à la recherche de sa fiancée.