Les nouvelles aventures des Tortues Ninja... Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.
Toute la famille Brenner se réveille dans un autre corps. Ils réalisent rapidement que la même chose est arrivée à une famille à l'autre bout du monde ; ils doivent s'unir afin de défaire ce mauvais sort.
