Hors-la-loi, El Topo défie pour l'amour d'une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s'élève jusqu'à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d'homme saint commence alors et El Topo s'engage dans la libération d'une communauté de parias.

En 1975, le producteur français Michel Seydoux propose à Alejandro Jodorowsky une adaptation très ambitieuse de "Dune" au cinéma. Ce dernier, déjà réalisateur des films cultes "El Topo" et "La Montagne sacrée", accepte. Il rassemble alors ses "guerriers" artistiques, dont Jean Giraud (Moebius), Dan O'Bannon, Hans-Ruedi Giger et Chris Foss qui vont être de toutes les aventures cinématographiques de science-fiction de la fin du siècle ("Star Wars", "Alien", "Blade Runner", "Total Recall" etc.).Le casting réunit Mick Jagger, Orson Welles, Salvador Dali, David Carradine ou Amanda Lear, mais également son jeune fils Brontis Jodorowsky, Pink Floyd et Magma acceptent de signer la musique du film… L'équipe de production recherche 5 millions de dollars pour finaliser le budget et se heurte à la peur des studios hollywoodiens qui craignent le tempérament de Jodorowsky...